São ofertados dezessete Cursos de Mestrado, distribuídos em cinco áreas de conhecimento.
| Curso | Grande Área | Campus | Início | Nota Capes |
| Administração | Ciências Sociais Aplicadas | Santa Cruz | Março de 2014 | 4 |
| Agronomia | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Março de 2007 | 4 |
| Bioenergia | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Março de 2010 | 4 |
| Biologia Evolutiva | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Março de 2008 | 4 |
| Ciências Farmacêuticas | Ciências da Saúde | Cedeteg | Março de 2010 | 4 |
| Ciências Florestais | Ciências Agrárias e Ambientais | Irati | Março de 2007 | 4 |
| Ciências Veterinárias | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Fevereiro de 2015 | 4 |
| Desenvolvimento Comunitário | Ciências da Saúde | Irati | Abril de 2013 | 4 |
| Educação | Ciências Humanas, Letras e Artes | Santa Cruz e Irati | Agosto de 2012 | 4 |
| Engenharia Sanitária e Ambiental | Ciências Agrárias e Ambientais | Irati | Abril de 2013 | 3 |
| Ensino de Ciências Naturais e Matemática | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Março de 2014 | 4 |
| Geografia | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Agosto de 2009 | 4 |
| História | Ciências Humanas, Letras e Artes | Irati | Fevereiro de 2012 | 3 |
| Letras | Ciências Humanas, Letras e Artes | Santa Cruz | Agosto de 2011 | 5 |
| Nanociências e Biociências | Ciências da Saúde | Cedeteg | Abril de 2019 | 3 |
| Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para Inovação | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Julho de 2016 | 3 |
| Química | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Março de 2006 | 4 |