São ofertados dezessete Cursos de Mestrado, distribuídos em cinco áreas de conhecimento.

Curso Grande Área Campus Início Nota Capes
Administração Ciências Sociais Aplicadas Santa Cruz Março de 2014 3
Agronomia Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Março de 2007 4
Bioenergia Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Março de 2010 3
Biologia Evolutiva Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Março de 2008 3
Ciências Farmacêuticas Ciências da Saúde Cedeteg Março de 2010 4
Ciências Florestais Ciências Agrárias e Ambientais Irati Março de 2007 4
Ciências Veterinárias Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Fevereiro de 2015 3
Desenvolvimento Comunitário Ciências da Saúde Irati Abril de 2013 4
Educação Ciências Humanas, Letras e Artes Santa Cruz e Irati Agosto de 2012 4
Engenharia Sanitária e Ambiental Ciências Agrárias e Ambientais Irati Abril de 2013 3
Ensino de Ciências Naturais e Matemática Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Março de 2014 3
Geografia Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Agosto de 2009 4
História Ciências Humanas, Letras e Artes Irati Fevereiro de 2012 3
Letras Ciências Humanas, Letras e Artes Santa Cruz Agosto de 2011 4
Nanociências e Biociências Ciências da Saúde Cedeteg Abril de 2019 3
Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para Inovação Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Julho de 2016 4
Química Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Março de 2006 4