São ofertados oito Cursos de Doutorado, distribuídos em cinco áreas de conhecimento.

Curso Grande Área Campus Início Nota Capes
Agronomia Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Março de 2014 4
Ciências Farmacêuticas Ciências da Saúde Cedeteg Março de 2016 4
Ciências Florestais Ciências Agrárias e Ambientais Irati Março de 2014 4
Desenvolvimento Comunitário Ciências da Saúde Irati Abril de 2019 4
Educação Ciências Humanas, Letras e Artes Santa Cruz e Irati 2021 4
Geografia Ciências Agrárias e Ambientais Cedeteg Março de 2016 4
Letras Ciências Humanas, Letras e Artes Santa Cruz 2021 4
Química Aplicada Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Março de 2020  4
Química Ciências Exatas e de Tecnologia Cedeteg Março de 2009 4