São ofertados oito Cursos de Doutorado, distribuídos em cinco áreas de conhecimento.
| Curso | Grande Área | Campus | Início | Nota Capes |
| Agronomia | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Março de 2014 | 4 |
| Ciências Farmacêuticas | Ciências da Saúde | Cedeteg | Março de 2016 | 4 |
| Ciências Florestais | Ciências Agrárias e Ambientais | Irati | Março de 2014 | 4 |
| Desenvolvimento Comunitário | Ciências da Saúde | Irati | Abril de 2019 | 4 |
| Educação | Ciências Humanas, Letras e Artes | Santa Cruz e Irati | 2021 | 4 |
| Geografia | Ciências Agrárias e Ambientais | Cedeteg | Março de 2016 | 4 |
| Letras | Ciências Humanas, Letras e Artes | Santa Cruz | 2021 | 5 |
| Química Aplicada | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Março de 2020 | 4 |
| Química | Ciências Exatas e de Tecnologia | Cedeteg | Março de 2009 | 4 |