São ofertados 18 (dezoito) Cursos de Mestrado.

Curso Campus Início Nota Capes
Administração Santa Cruz 2014 4
Agronomia Cedeteg 2007 4
Bioenergia Cedeteg 2010 4
Biologia Evolutiva Cedeteg 2007 4
Ciências Farmacêuticas Cedeteg 2010 4
Ciências Florestais Irati 2007 4
Ciências Veterinárias Cedeteg 2015 4
Desenvolvimento Comunitário Irati 2012 4
Educação Santa Cruz e Irati 2012 4
Enfermagem em Atenção Primária à Saúde Cedeteg 2024 3
Engenharia Sanitária e Ambiental Irati 2013 3
Ensino de Ciências Naturais e Matemática Cedeteg 2014 4
Geografia Cedeteg 2009 4
História Irati 2012 3
Letras Santa Cruz 2011 5
Nanociências e Biociências Cedeteg 2019 3
Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para Inovação Cedeteg 2016 4
Química Aplicada Cedeteg 2006 4