São ofertados 18 (dezoito) Cursos de Mestrado.
| Curso | Campus | Início | Nota Capes |
| Administração | Santa Cruz | 2014 | 4 |
| Agronomia | Cedeteg | 2007 | 4 |
| Bioenergia | Cedeteg | 2010 | 4 |
| Biologia Evolutiva | Cedeteg | 2007 | 4 |
| Ciências Farmacêuticas | Cedeteg | 2010 | 4 |
| Ciências Florestais | Irati | 2007 | 4 |
| Ciências Veterinárias | Cedeteg | 2015 | 4 |
| Desenvolvimento Comunitário | Irati | 2012 | 4 |
| Educação | Santa Cruz e Irati | 2012 | 4 |
| Enfermagem em Atenção Primária à Saúde | Cedeteg | 2024 | 3 |
| Engenharia Sanitária e Ambiental | Irati | 2013 | 3 |
| Ensino de Ciências Naturais e Matemática | Cedeteg | 2014 | 4 |
| Geografia | Cedeteg | 2009 | 4 |
| História | Irati | 2012 | 3 |
| Letras | Santa Cruz | 2011 | 5 |
| Nanociências e Biociências | Cedeteg | 2019 | 3 |
| Propriedade Intelectual e Transferência de Tecnologia para Inovação | Cedeteg | 2016 | 4 |
| Química Aplicada | Cedeteg | 2006 | 4 |