São ofertados 11 (onze) Cursos de Doutorado.
| Curso | Campus | Início | Nota Capes |
| Agronomia | Cedeteg | Março de 2014 | 4 |
| Bioenergia | Cedeteg | Março de 2024 | 4 |
| Biologia Evolutiva | Cedeteg | Março de 2024 | 4 |
| Ciências Farmacêuticas | Cedeteg | Março de 2016 | 4 |
| Ciências Florestais | Irati | Março de 2014 | 4 |
| Desenvolvimento Comunitário | Irati | Abril de 2019 | 4 |
| Educação | Santa Cruz e Irati | 2021 | 4 |
| Geografia | Cedeteg | Março de 2016 | 4 |
| Letras | Santa Cruz | 2021 | 5 |
| Química Aplicada | Cedeteg | Março de 2020 | 4 |
| Química | Cedeteg | Março de 2009 | 4 |