São ofertados 12 (doze) Cursos de Doutorado.
| Curso | Campus | Início | Nota Capes |
| Agronomia | Cedeteg | 2014 | 4 |
| Bioenergia | Cedeteg | 2024 | 4 |
| Biologia Evolutiva | Cedeteg | 2024 | 4 |
| Ciências Farmacêuticas | Cedeteg | 2016 | 4 |
| Ciências Florestais | Irati | 2014 | 4 |
| Desenvolvimento Comunitário | Irati | 2019 | 4 |
| Educação | Santa Cruz e Irati | 2021 | 4 |
| Ensino de Ciências Naturais e Matemática |
Cedeteg | 2025 | 4 |
| Geografia | Cedeteg | 2017 | 4 |
| Letras | Santa Cruz | 2021 | 5 |
| Química Aplicada | Cedeteg | 2021 | 4 |
| Química – Associado UEL-UEPG-Unicentro | Cedeteg | 2009 | 4 |