O processo seletivo para ingresso no Mestrado em Ciências Farmacêuticas é realizado anualmente, por uma Comissão de Seleção nomeada pelo Colegiado do Programa. O processo de seleção de candidatos é composto por quatro etapas: 

a)      Prova escrita de conhecimentos específicos em Ciências Farmacêuticas
b)      Prova de língua inglesa;
c)      Entrevista pessoal realizada pela Comissão de Seleção;
d)      Análise do Curriculum Lattes;

O detalhamento das etapas do processo de seleção bem como programa e a bibliografia sugerida para a prova escrita, são divulgados anualmente em Edital específico.