O curso de Mestrado em Química Aplicada do Programa de Pós-Graduação em Química da Universidade Estadual do Centro Oeste (Unicentro) foi aprovado em reunião realizada no período de 31 de janeiro a 02 de fevereiro de 2006 pelo Conselho Técnico Científico (CTC) da Capes que endossou o parecer da Comissão de Área e recomendou o conceito 3. Desta maneira, o Mestrado em Química Aplicada iniciou suas atividades em 2006 atuando em duas linhas de pesquisa: (1) Materiais, Interfaces e Aplicações e (2) Metodologias Analíticas e Aplicações.
Ao longo da sua existência, o corpo docente do Mestrado em Química Aplicada tem se comprometido a buscar o fortalecimento das linhas de pesquisa, a consolidação dos grupos de pesquisa, a aprovação e preparação de novos projetos e a publicação de artigos científicos em revistas nacionais e internacionais de alto fator de impacto.
O Programa de Pós-Graduação em Química Aplicada, nível Mestrado tem procurado também oferecer ao mestrando uma formação ampla e versátil capacitando-o para atuar em diversos setores industriais e acadêmicos sem abrir mão de uma sólida formação científica que permita a continuação dos seus estudos visando um curso de doutoramento.